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瑞克·卡特率领的远征军在宇宙深处取得节节胜利，并和反抗因维人的外星人结成“哨兵同盟”。但就在2031年，地球为瑞吉斯所率领的因维人占领。2044年，远征军调转方向，开始朝着人类古老的家园——地球挺进。借助哨兵同盟成员海顿星人帮助，爱德华兹将军将舰队全部配备暗影技术，它可使舰队不被因维人的探查设备所发现。此外，远征军还依靠海顿星人开发出更为强劲的中子S导弹。为了将因维人赶出地球，不惜牺牲半个星球为代价。
在此期间，SDF-3神秘失踪，瑞克也发现中子S导弹的奇怪之处。他告诫远征军不要使用这个致命的武器。但远征军已向因维人发起最后的攻击……