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繁华时尚的忍者岛，乐高小人们过着快乐无忧的日子，除了……隔三差五会遭到邪恶魔头加满都（贾斯汀·塞洛克斯 Justin Theroux 配音）的入侵骚扰外。当然，幸亏有英勇无畏的幻影忍者，他们一次次挺身而出，与魔王大战，才使得忍者岛免于被邪恶统治的危险。绿色忍者劳埃德（戴夫·弗兰科 Dave Franco 饰）是加满都的亲生儿子，不知道他忍者身份的市民们因此经常嘲笑辱骂劳埃德。郁闷的青年只得将一腔怒火撒在以破坏为乐趣的加满都身上。在又一次遭到挫败后，加满都带着威力更强大的军团卷土重来。关键时刻，劳埃德启动了吴大师（成龙 配音）禁止使用的终极武器，最终给忍者岛带来毁灭性的灾难。
为了拯救忍者岛，幻影忍者们跋山涉水，甚至与加满都展开了合作……